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Un workshop organisé par F. Jaffrézic, D. Laloë, P. Huan, E. Venot (INRA-GABI) et D. Gautheret (I2BC, Université Paris-Sud), s'est déroulé le 9 octobre 2018 sur le centre INRA de Versailles. Financé par les projets PREDICT et Psay-CompBio, il était consacré à la thématique "Deep Learning et Génomique".
Avec le développement des données "x-omiques" et les nouvelles techniques de séquençage, la biologie est entrée dans l’ère du "Big Data". En parallèle, les méthodes liées aux réseaux de neurones ont connu un spectaculaire regain d’intérêt avec le "Deep Learning" appliqué à des données massives.
 
Cette thématique intéresse particulièrement la communauté scientifique, et ce séminaire a réuni près de deux cents participants d'horizons et de disciplines diverses (médecins, biologistes, bioinformaticiens et statisticiens).
Plusieurs thèmes ont été abordés :

Tout d’abord une introduction théorique aux réseaux de neurones, puis plusieurs présentations d’application des approches de deep learning et machine learning aux données de génomique et métagénomique.
A l’issue du séminaire, une table ronde a été animée par F Jaffrézic et M Mariadassou, portant en particulier sur les conditions d’applicabilité de ces approches, en terme de quantité de données nécessaire, ainsi que sur la reproductibilité et l’interprétabilité biologique des réseaux obtenus.
Les présentations des orateurs sont disponibles sur le site dédié du Workshop PREDICT-Psay-CompBio