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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Genetique Animale et Biologie Integrative

Unité Mixte de Recherche INRA AgroParisTech GABI Génétique Animale et Biologie Intégrative

Zoom dans nos laboratoires

Genotypage
© INRA
Vous vous êtes posés la question, qu'est-ce qui se passe dans un laboratoire à GABI ? Que faisons nous ? Quelles techniques utilisons nous ? Vous êtes au bon endroit ! Nous allons vous montrer...

L'identification des bactéries grâce au séquençage de l'ADN

Schéma de l'identification des bactéries

Quels sont les bactéries présentes dans le microbiote intestinal ?

Pour le savoir, on collecte les échantillons de fèces (eh oui!), on extrait l'ADN dont on fait des copies (on l'amplifie, en termes plus techniques) pour avoir des quantités suffisantes à analyser.

Ensuite on effectue son séquençage.

On obtient de nombreuses séquences d'ADN.

On compare les séquences obtenues avec des séquences de bactéries connues dans des bases de données.

On peut ainsi identifier plusieurs centaines d'espèces bactériennes dans le microbiote intestinal !

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Analyse du microbiote intestinal : de la ferme au laboratoire

Schéma de l'analyse du microbiot intestinal : de la ferme au laboratoire

Des questions scientifiques

  • Exemple : existe-t-il une composition de microbiote intestinal qui favorise la santé des animaux ?
  • Des règles d'éthique en expérimentation animale

Règle des 3R : réduire, remplacer, raffiner

  • Démarrage de l'expérimentation après acceptation du protocole par un comité d'éthique

De la Traçabilité

  • Suivi des échantillons avec des codes-barres qui les associent aux identifiants des animaux
  • Informations renseignées dans des bases de données

Des "big data"

  • Séquençage d'ADN haut débit : jusqu'à plusieurs millions de séquences par échantillon !
  • Analyses bioinformatiques et biostatistiques : nécessité de serveurs et clusters de calcul puissants

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Chemin d'un échantillon dans le CRB de l'UMR GABI

Schéma de l'échantillon au CRB

A GABI, au sein de notre plateforme @BRIDGe, nous avons un CRB ou Centre de Ressources Biologiques appelé aussi Biobanque.

A quoi sert un centre de ressources biologiques?

Prenons l'exemple du projet BiodivA, l'exploration de la diversité génétique des races locales de poules.

  • A partir d'une prise de sang de l'animal différents chemins sont possibles, une fois que l'échantillon est enregistré dans une base de données à l'aide de code barres.
  • L'échantillon peut simplement être stocké ou il peut subir des analyses pour par exemple connaître son ADN. Et bien sûr même après extraction l'échantillon est stocké - on peut avoir envie de réutiliser l'échantillon pour d'autres analyses plus tard.

Mais comment se passe le stockage ?

  • Le stockage des échantillons biologiques s’appellent "cryoconservation" : les échantillons sont conservés dans des congélateurs à -80*C ou -40°C.

Quelles analyses faisons-nous sur les échantillons ?

  • L'extraction de l'ADN qui permettra de génotyper (ou connaître l'ensemble des gènes d'un organisme)

Et pour le projet BiodivA ?

Nous avons pu génotyper 26 races de poules locales pour mieux comprendre leurs origines !

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Voir aussi

Pour en savoir plus sur les techniques utilisées dans nos laboratoires, rendez-vous sur le site de GABI ou de notre plateforme @BRIDGe