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Genetique Animale et Biologie Integrative

Unité Mixte de Recherche INRA AgroParisTech GABI Génétique Animale et Biologie Intégrative

L’équipe Plateformes rassemble l’expertise et les équipements des plateformes portées par GABI qui sont ouvertes aux utilisateurs externes :

Plateformes GABI
La plateforme @BRIDGe (Animal Biological Resources for Integrated and Digital Genomics) dotée de 3 composantes (biobanque/génomique/histologie), et le service de Microscopie électronique à transmission de la plateforme multi-sites MIMA2.

L’offre de services et d’équipements intègre la conservation de l’échantillon biologique et son analyse au niveau moléculaire, cellulaire ou tissulaire.

Les domaines d’activité sont la génomique structurale et fonctionnelle, la microgénomique, l’analyse morphologique et ultra-structurale.

Le Centre de Ressources Biologiques permet une gestion sécurisée des échantillons, leur caractérisation et leur distribution, ainsi que la fourniture de procédures expérimentales et d’outils pour l’analyse des données.

La biobanque et les installations de génomique et microgénomique font partie de l’infrastructure nationale CRB-Anim soutenue par le programme ‘Investissements d’Avenir’ de 2012 à 2019 qui constitue le pilier animal de l’infrastructure nationale "RARe" pour Ressources Agronomiques pour la Recherche .

Services de Biobanque (@BRIDGe)

  • Banques de BAC (espèces bovine, ovine, caprine, équine, porcine, lapin, poulet)
  • Tout type d’échantillon biologique incluant les préparations tissulaires, à l’exception de matériel infectieux. La plateforme propose un service d’extraction et de contrôle qualité des acides nucléiques ADN et ARN.

Génomique (@BRIDGe)

  • Station Agilent pour l’hybridation de microarray
  • Séquençage MiSeq,
  • Capture de régions génomiques ciblées et du génome d’agents pathogènes non cultivables
  • PCR quantitative, open-array et TAQMan array cards
  • Logiciels d’analyse correspondants GeneSpring GX (Agilent) et Ingenuity Pathway Analysis (Ingenuity) pour les données du transcriptome, GeneX (Multid) pour la qPCR.

Analyse Fonctionnelle et Structurale à l’échelle cellulaire ou tissulaire (@BRIDGe)

  • Histologie: fixation des tissus, inclusion en paraffine, coupe et colorations (morphologique et  spécifiques),  numérisation de lames histologiques en fond clair et en fluorescence.
  • Microdissection Laser: production et analyse de micro-quantités de matériel extrait de cellules isolées de leur environnement tissulaire sous contrôle morphologique.
  • Analyse ultra-structurale de la cellule par microscopie électronique à transmission.

Analyse ultra-structurale de la cellule et de ses organites (MIMA2)

MIMA2
  • Plateau de microscopie électronique à transmission, analyse 2D et possibilité de reconstruction 3D.

Principaux équipements

18 congélateurs -80°C, 3 congélateurs -40°C, 8 instruments de quantification et contrôle qualité des acides nucléiques, un robot extracteur d’ADN (Chemagic STAR), 1 station Agilent micro-array, 1 séquenceur Illumina MiSeq, 1 système qPCR Life Technologies QuantStudio 12K (96 puits) équipé d’un bloc TaqMan Array Card et d’un bloc open array, 2 appareils de microdissection laser (ARCTURUS XT IR /UV), 2 cryostats, 1 SnapFrost, 1 automate de coloration (Thermo)  2 microtomes (Leica), 2 systèmes de deshydratation et inclusion en paraffine (TP1020, Leica), 1 platine d’enrobage (Leica), 1 scanner à fond clair et à fluorescence pour la production de lames virtuelles (Panoramic SCAN, 3DHistech), 1 imprimante de cassettes et 1 imprimante de lames (Primera), 2 ultramicrotomes (Reichert E – Leica UC6), un microscope électronique HITACHI 7700.

Politique qualité

  • La plateforme @BRIDGe est certifiée ISO 9001:2008 pour toutes ses activités et la biobanque est certifiée pour la norme NFS 96-900.
  • @BRIDGe et MIMA2 ont été labélisées plateformes stratégiques INRA en 2013, aux échelles nationale et régionale, respectivement.

Réseau de plateformes

Les plateformes de GABI font partie du réseau ARPEJ du centre Inra IdF Jouy-en-Josas.

Production scientifique

La plupart des articles ont des co-auteurs provenant d’unités de recherche différentes de GABI. Notre objectif est de tracer et d’inventorier les publications  citant les plateformes dans leur section Matériel et Méthodes ou bien dans leurs remerciements.

2017

Duchesne A, Vaiman A, Castille J, Beauvallet C, Gaignard P, Floriot S, Rodriguez S, Vilotte M, Boulanger L, Passet B, Albaric O, Guillaume F, Boukadiri A, Richard L, Bertaud M, Timsit E, Guatteo R, Jaffrézic F, Calvel P, Helary L, Mahla R, Esquerré D, Péchoux C, Liuu S, Vallat JM, Boichard D, Slama A, Vilotte JL. Bovine and murine models highlight novel roles for SLC25A46 in mitochondrial dynamics and metabolism, with implications for human and animal health. PLoS Genet. 2017 Apr 4;13(4).

Gaillard V, Galloux M, Garcin D, Eléouët JF, Le Goffic R, Larcher T, Rameix-Welti MA, Boukadiri  A, Héritier J, Segura JM, Baechler E, Arrell M, Mottet-Osman G, Nyanguile O. Antimicrob Agents Chemother. A Short Double-Stapled Peptide Inhibits Respiratory Syncytial Virus Entry and Spreading. 2017 Mar 24;61(4).

Latrasse, D., Rodriguez-Granados, N.Y., Alaguraj Veluchamy, K.G., Mariappan, Claudia Bevilacqua, Nicolas Crapart, Celine Camps, Vivien Sommard, C., Raynaud, Catherine Dogimont, Adnane Boualem, M.B.A., Bendahmane, 2017. The quest for epigenetic regulation underlying unisexual flower development in Cucumis melo. Epigenetics & Chromatin, 10 :22.

Remot A, Descamps D, Noordine ML, Boukadiri A, Mathieu E, Robert V, Riffault S, Lambrecht B, Langella P, Hammad H, Thomas M., Bacteria isolated from lung modulate asthma susceptibility in mice. ISME J. 2017 May;11(5):1061-1074

2016

Biacchesi  S, Jouvion G, Mérour E, Boukadiri A, Desdouits M, Ozden S, Huerre M, Ceccaldi PE, Brémont M., Rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) muscle satellite cells are targets of salmonid alphavirus infection. Vet Res. 2016 Jan 8;47(1):9. doi: 10.1186/s13567-015-0301-1.

Dugat T., Rossignol M.N., Rué O., Loux V., Marthey S., Moroldo M., Silaghi C., Höper D., Fröhlich J., Pfeffer M., Zweygarth E., Lagrée A.C., Boulouis H.J., Haddad N. Draft genomes of Anaplasma phagocytophilum from six cows, two horses, and two roe deer collected in Europe. Genome Announcements 2016 Dec 1;4(6).

Hervé PL, Descamps D, Deloizy C, Dhelft V, Laubreton D, Bouguyon E, Boukadiri A, Dubuquoy C, Larcher T, Benhamou PH, Eléouët JF, Bertho N, Mondoulet L, Riffault S.J, Non-invasive epicutaneous vaccine against Respiratory Syncytial Virus: Preclinical proof of concept. Control Release. 2016 Dec 10;243:146-159

Hoffmann T., Pham H.P., Bridonneau C., Aubry C., Lamas B., Martin-Gallausiaux C., Moroldo M., Rainteau D., Lapaque N., Six A., Richard M.L., Fargier E., Le Guern M.E., Langella P., Sokol H. Microorganisms linked to inflammatory bowel disease-associated dysbiosis differentially impact host physiology in gnotobiotic mice. ISME Journal 2016 Feb 10(2):460-77

Jahnke V.E., Ayachi M., Lecardonnel J., Moroldo M., Barrey E., Billat V., Mille-Hamard L. Effect of exercise intensity on microarn expression in rodent. Acta physiologica 2016 June Vol. 217;71-72

Loyau T., Hennequet-Antier C., Coustham V., Berri C., Leduc M., Crochet S., Sannier M., Duclos M.J., Mignon-Grasteau S., Tesseraud S., Brionne A., Métayer-Coustard S., Moroldo M., Lecardonnel J., Martin P., Lagarrigue S., Yahav S., Collin A. Thermal manipulation in the chicken embryo triggers differential gene expression in response to a later heat challenge in chicken. BMC Genomics 2016 May 4;17(1):329

Mach N., Plancade S., Pacholewska A., Lecardonnel J., Rivière J., Moroldo M., Vaiman A., Morgenthaler C., Beinat M., Nevot A., Robert C., Barrey E. Integrated mRNA and miRNA expression profiling in blood reveals candidate biomarkers associated with endurance exercise in the horse. Scientific Reports 2016 Mar 10;6:22932

Montazer-Torbati F, Boutinaud M, Brun N, Richard C, Neveu A, Jaffrézic F, Laloë D, LeBourhis D, Nguyen M, Chadi S, Jammes H, Renard JP, Chat S, Boukadiri A, Devinoy E., Differences during the first lactation between cows cloned by somatic cell nuclear transfer and noncloned cows.J Dairy Sci. 2016 Mar 23. pii: S0022-0302(16)30103-5.

Osteil P., Moulin A., Aubry M., Joly T., Jouneau L., Santamaria C., Tapponnier Y., Archilla C., Schmaltz-Panneau B., Lecardonnel J., Barasc H., Mouney-Bonnet N., Genthon C., Roulet A., Donnadieu C., Acloque H., Gocza E., Duranthon V., Afanassieff M., Savatier P. Novel embryonic stem cell lines unveil the variety and dynamics of pluripotent states in rabbits. Stem cell reports 2016 Sep 13;7(3):383-98.

Sanz G, Leray I, Grébert D, Antoine S, Acquistapace A, Muscat A, Boukadiri A, Mir LM., Structurally related odorant ligands of the olfactory receptor OR51E2 differentially promote metastasis emergence and tumor growth. Oncotarget. 2016 Dec 9, doi: 10.18632/oncotarget.13836.

Remerciements

Deloménie Claudine, Guido Grentzmann, Nathalie Oestreicher, Robin Mesnage, Christian Vélot, Development and validation of a custom microarray for global transcriptome profiling of the fungus Aspergillus nidulans. Current Genetics, 2016 (microarrays)

Lahbib-Mansais Y, Barasc H, Marti-Marimon M, Mompart F, Iannuccelli E, Robelin, D, Riquet J, Yerle-Bouissou M. Expressed alleles of imprinted IGF2, DLK1 and MEG3 colocalize in 3D-preserved nuclei of porcine fetal cells. BMC Cell Biol. 2016 Oct, 1;17(1):35. (biobanque)

Mary N, Barasc H, Ferchaud S, Priet A, Calgaro A, Loustau-Dudez AM, Bonnet N, Yerle M, Ducos A, Pinton A. Meiotic Recombination Analyses in Pigs Carrying Different Balanced Structural Chromosomal Rearrangements. PLoS One. 2016 Apr 28;11(4):e0154635. doi: 10.1371/journal.pone.0154635 (biobanque)

Panchenko P.E., (2016). Expression of epigenetic machinery genes is sensitive to maternal obesity and weight loss in relation to fetal growth. Clin. Epigenetics 27(8):22. (microgénomique)

Martín R , Laval L , Chain F , Miquel S , Natividad J , Cherbuy C , Sokol H , Verdu EF , van Hylckama Vlieg J , Bermudez-Humaran LG , Smokvina T , Langella P ., Bifidobacterium animalis ssp. lactis CNCM-I2494 Restores Gut Barrier Permeability in Chronically Low-Grade Inflamed Mice. Front Microbiol. 2016 May 6;7:608. doi: 10.3389/fmicb.2016.00608. eCollection 2016. (histologie)

Oriana Rossi,  Lisette A. van Berkel,  Florian Chain, M. Tanweer Khan,  Nico Taverne,  Harry Sokol,  Sylvia H. Duncan, Harry J. Flint, Hermie J. M. Harmsen,  Philippe Langella,  Janneke N. Samsom,  and Jerry M. Wellsa, ,Faecalibacterium prausnitzii A2-165 has a high capacity to induce IL-10 in human and murine dendritic cells and modulates T cell responses. Sci Rep. 2016; 6: 18507.  PMCID: PMC4698756, (histologie)

Sead Chadi, Jacqueline Polyte, Lucas Lefevre, Johan Castille, Aude Ehanno, Johann Laubier, Florence Jaffrézic, Fabienne Le Provost, 2016 , Phenotypic and Molecular Alterations in the Mammary Tissue of R-Spondin1 Knock-Out Mice during pregnancy.  PLoS ONE 11(9): e0162566. doi:10.1371/journal.pone.0162566,  (histologie)

Contacts

Animation

Michèle Tixier-Boichard

Co-animation

Claudia Bevilacqua

Microgénomique, qPCR

Christine Longin

Microscope électronique