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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Genetique Animale et Biologie Integrative

Unité Mixte de Recherche INRA AgroParisTech GABI Génétique Animale et Biologie Intégrative

Génétique et Génomique bovine

Animation de l’équipe, Direction de l’UMT eBIS Didier Boichard, Sophie Mattalia, Sébastien Fritz

G2B
© INRA
La mission principale de G2B est d’apporter des connaissances et des outils contribuant, par la génétique, à la durabilité de la production bovine dans ses dimensions économiques, sociales et environnementales. Notre activité se construit sur une forte synergie entre gestion des populations et analyse de la variabilité génétique, deux thématiques fortement marquées par la sélection génomique et les technologies de génotypage, séquençage et bioinformatique. L’équipe est constituée d’agents de l’INRA, Idele et Allice au sein de l’Unité Mixte Technologique eBIS labellisée en 2017 pour 5 ans.

Questions scientifiques

Sélection génomique et gestion des populations bovines

Animateurs : Pascal Croiseau, Vincent Ducrocq

L’équipe a été historiquement responsable des évaluations génétiques bovines nationales, de leur conception, leur évolution jusqu’à leur production dans un cadre certifié ISO9001. Depuis l’application du Règlement Zootechnique Européen en Novembre 2018, cette activité est sous la responsabilité des Organismes de Sélection et l’équipe qui n’est plus en charge de la production s’est recentrée sur la Recherche et le Développement, les résultats étant transférés à d’autres organismes pour leur mise en application. Les principales activités concernent les méthodes d’évaluation génétique, en particulier le développement de méthodes d’évaluation en une seule étape (dite Single Step) et la prise en compte du déterminisme génétique des caractères, en particulier les variants causaux. La prédiction des interactions génétique x milieu et l’intégration du croisement dans les évaluations sont également inscrites dans les priorités. Nous développons également des travaux sur la définition des objectifs de sélection pour une production durable et leur adaptation aux systèmes de production, sur la gestion des populations minimisant la perte de variabilité, et pour une utilisation optimale de l’information intra-troupeau. Les collaborations internationales sont tournées vers les principaux partenaires d’Eurogenomics mais aussi vers le Sud (Inde, Afrique du Sud) dans le cadre d’un Laboratoire International Associé.

Analyse du déterminisme génétique de différents caractères  

Animateurs : Hélène Leclerc, Eric Venot

Les besoins diversifiés d’une sélection durable et les opportunités du phénotypage haut débit nous conduisent à analyser des caractères non conventionnels comme l’efficience alimentaire, la santé, la résilience et l’adaptation, la qualité des produits, la tolérance à la chaleur, ainsi que les anomalies génétiques dans le cadre de l’Observatoire National des Anomalies Bovines. Les dispositifs de recherche sont construits en unités expérimentales ou en fermes commerciales avec nos partenaires. L’objectif est d’identifier les variants causaux responsables avec une approche de séquençage à haut débit et d’imputation, et d’inférer les réseaux de gènes impliqués.

Structure et Dynamique du Génome

Animateurs : Aurélien Capitan, Dominique Rocha

L’équipe est l’un des membres fondateurs du projet « 1000 génomes bovins » et investit dans la connaissance du génome, en particulier la caractérisation et l’annotation de tous types de variants génétiques. Ces données alimentent les deux autres axes de l’équipe. Des travaux de génomique régulationnelle ont pour objectif d’améliorer l’annotation des variants. Une approche de génétique inverse permet de prédire et tester à grande échelle les variants a priori délétères choisis sur la base de leur annotation. Enfin, l’équipe prévoit d’étudier le déterminisme génétique de certaines marques épigénétiques.

Dispositif de recherche

Les phénotypes à la base de notre activité proviennent de la base nationale zootechnique et de l’unité expérimentale du Pin. Le CTIG est un partenaire étroit, fournissant à la fois l’accès aux données et les ressources informatiques. L’essentiel des données de génotypage sont produites par Labogena, tant pour les projets de recherche que pour la sélection génomique. Les séquences sont produites sur la plateforme GetPlage de Toulouse et les travaux de bioinformatique sont réalisés en collaboration avec Sigenae.

Collaborations et partenaires

• Des collaborations avec France Génétique Elevage et de nombreux organismes de génétique et sélection animales français, ainsi qu'avec Apisgene

• Intra Inra, des collaborations avec différents laboratoire des départements de Génétique Animale (en particulier GenPhySe Toulouse et GMA Limoges), Phase, Santé animale.

• Collaboration avec les écoles vétérinaires dans le cadre de l'ONAB

• Collaboration internationale en sélection génomique (Eurogenomics, Intergenomics, Interbull, Interbeef) et avec l'Inde et l'Afrique du Sud

• Membre fondateur et contributeur important du consortium "1000 bull genomes" avec l’Université de Melbourne.

Lien avec des méta-programmes INRA

SELGEN, Sélection génomique
  • Intégration des données de séquence de génome complet en sélection génomique
  • Gestion de la diversité en sélection
  • Prédiction des Interactions génotype x milieu
  • Approches transversales entre espèces ;
  • Interactions avec les sciences sociales sur les conséquences organisationnelles de la sélection génomique.
GISA, Gestion intégrée de la santé des animaux
  • Etude du déterminisme génétique des mammites et de la paratuberculose