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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Genetique Animale et Biologie Integrative

Unité Mixte de Recherche INRA AgroParisTech GABI Génétique Animale et Biologie Intégrative

Génétique et Aquaculture (GenAqua)

Animation : Mathilde Dupont-Nivet

GenAqua
© INRA
Les travaux de l’équipe ont pour objectif la description et l’exploitation des ressources génétiques aquacoles à des fins d’élevage ou de repeuplement. Les espèces principalement étudiées sont la truite (truite arc-en-ciel et truite commune) et le bar, premières espèces piscicoles françaises, ainsi que la carpe.

Thématique globale

Nous analysons l’architecture génétique des caractères importants en élevage ou en milieu naturel, et étudions les modalités d’introduction de ces caractères dans des schémas de sélection adaptés aux contraintes biologiques et socio-économiques de la filière piscicole française. Un effort important est consacré au développement des outils génomiques nécessaires à ces différentes approches.

Un partenariat privilégié avec l’Ifremer (Palavas-les-Flots) dans le domaine de la génétique du bar permet, depuis plus de 10 ans, de mutualiser méthodes et moyens, et de progresser sur des problématiques génériques en tirant parti des particularités de chaque espèce. Nous collaborons régulièrement avec des professionnels de la sélection piscicole (SYSAAF – Syndicat des Sélectionneurs Avicoles et Aquacoles Français-, PME impliquées dans la sélection) et de la gestion des cours d’eau (Fédérations de pêche,…).

Questions scientifiques

Les caractères importants pour la durabilité économique et environnementale des élevages piscicoles sont étudiés dans le cadre de projets nationaux ou européens, en collaboration avec les spécialistes des fonctions étudiées, en France ou à l’étranger (physiologistes, nutritionnistes, pathologistes, comportementalistes, spécialistes des systèmes de production,…) et impliquent différents chercheurs de l’équipe :

Variabilité génétique de l'utilisation de l’aliment, et en particulier des matières premières végétales qui remplacent huiles et farines de poisson, désormais en quantités limitantes. (projet FUI Vegeaqua, coord M. Vandeputte et ANR Agreenfish, coord. M. Dupont-Nivet)

Bases génétiques et fonctionnelles de la résistance aux maladies virales et bactériennes chez la truite et le bar (projets européens NADIR, Aquaexcel et FishBoost, projet FUI Re-sist ; E. Quillet, C. Genêt, M. Vandeputte) et adaptation aux facteurs environnementaux (projet méta-programme ACCAF-Thermotac, M. Dupont-Nivet)

Production de populations monosexes et déterminisme des variations de sex-ratio chez la truite (projet ANR Sexytrout ; R. Guyomard, E. Quillet) et le bar (M. Vandeputte)

Les résultats obtenus contribuent à l’amélioration régulière des schémas de sélection. Les évolutions  récentes concernent en particulier le développement d’une méthode optimisée de sélection pour les rendements  (éviscération, filetage) qui sont des composantes importantes de l’efficacité globale de transformation du système de production (projet OFIMER Bar 3D, PhD européen EGS-ABG sur l’analyse des cycles de vie ; M. Vandeputte) et la possibilité de tracer les généalogies pour exploiter l’information familiale et sélectionner pour des caractères létaux comme la résistance aux maladies (projet ANR Flavores, en collaboration avec le SYSAAF).

En matière de gestion des populations,  nous étudions l’impact du repeuplement sur les populations de truites autochtones du bassin rhodanien (projet européen AQUATRACE, R. Guyomard) grâce aux marqueurs génétiques développés dans l’équipe.

Enfin, GenAqua coordonne le projet européen Infrastructures aquacoles Aquaexcel (coordinateur M. Vandeputte).

Dispositifs de recherche

Les programmes expérimentaux sont généralement conduits dans les installations INRA (pisciculture de la PEIMA, Finistère et plateforme d’infectiologie IERP, Jouy-en-Josas) pour la truite, et dans les installations Ifremer pour le bar.

Les ressources génétiques originales développées par l’équipe (populations ‘réservoir’ de variabilité génétique, lignées sélectionnées pour différents caractères et une collection unique de lignées isogéniques de truite) sont également entretenues dans ces structures.

Plusieurs programmes font appel aux ressources et compétences des plateformes de génomique (GeT-Plage, @BRIDGe) et bioinformatique (Sigenae).

Collaborations et partenaires

L’équipe participe au développement des ressources génomiques chez la truite et est associée à des projets en génomique de grande ampleur, comme le projet ANR Genotrout (C. Genêt, en collaboration avec le département PHASE, le Génoscope et l’Ecole Normale Supérieure), qui vise l’obtention de la séquence complète du génome de la truite arc-en-ciel,  et un projet de développement de marqueurs SNP à haut débit, en collaboration avec une équipe américaine de l’USDA (Palti et al, Mol. Ecol. Res., sous presse)

Nous sommes également sollicités pour nos compétences en génétique et génomique structurale dans des projets variés, comme par exemple les projets ANR SDS et Phylosex sur l’identification du déterminant sexuel majeur chez les poissons, salmonidés principalement (en collaboration avec le département PHASE, le CNRS et les universités de Würsburg et d’Orégon)

Liens avec des méta-programmes INRA