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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Genetique Animale et Biologie Integrative

Unité Mixte de Recherche INRA AgroParisTech GABI Génétique Animale et Biologie Intégrative

GABI réalise les évaluations génétiques officielles françaises des bovins, porcs et chevaux.

Depuis la Loi sur l’Elevage de 1966 puis la Loi d’Orientation Agricole de 2006 et jusqu'à l'application du réglement zootechnique européen en novembre 2018, l’Etat français confie à l’INRA les évaluations génétiques officielles des reproducteurs. Cette mission du Département de Génétique Animale a été réalisée par GABI pour les bovins, les porcs et les chevaux.

L’objectif d’une évaluation génétique est d’estimer la valeur génétique des reproducteurs, c’est-à-dire ce qu’ils transmettent en espérance à leurs descendants pour un caractère donné. Cette valeur génétique n’est pas observable et doit donc être estimée à partir de trois types d’information, les généalogies, les performances (ou phénotypes) et, plus récemment, l’information des polymorphismes du génome. A l’issue d’une évaluation génétique, un animal a donc une estimation de valeur génétique pour chaque caractère évalué. La sélection génétique s’appuie sur ces valeurs objectives pour l’amélioration génétique des animaux.

Pour réaliser sa mission d’évaluation génétique, l’INRA a mobilisé les Systèmes Nationaux d’Information Génétique (ou SNIG). Pour chaque espèce, le SNIG est un logiciel partagé entre tous les organismes concernés et développé sous la maitrise d'oeuvre des Instituts Techniques. Il comprend une base gérant l’ensemble des données produites, avec tout leur historique, par les nombreux partenaires: Etablissements De l'Elevage (identification et filiations), organismes de contrôle de performances, centres d’insémination, associations de race, laboratoires, abattoirs... Le Centre de Traitement de l’Information Génétique (CTIG, centre informatique du Département de Génétique Animale, localisé à Jouy-en-Josas (78)) est le niveau central de ce réseau complexe. Il centralise et échange les données de plus de 200 organismes.

Jusqu'en novembre 2018, GABI a la responsabilité de l’évaluation génétique des bovins, des porcs et des chevaux. A ce titre, nous développons des méthodes statistiques et leurs applications informatiques, réalisons les calculs et émettons des recommandations d’utilisation. Les évaluations sont réalisées périodiquement, d’une fois par semaine pour les plus fréquentes à une fois par an, selon l’espèce et le caractère. Le nombre de caractères évalués augmente régulièrement dans toutes les espèces, pour prendre en compte la complexité des objectifs de sélection et des besoins. Au cours du temps, au-delà des caractères de productivité directement lié aux ventes de produits se sont rajoutés des caractères de qualité des produits (viande, lait) puis des caractères fonctionnels essentiels pour la longévité et la santé des animaux. Ainsi, plus de 40 caractères sont évalués par exemple chez les bovins. Les caractères les plus récemment évalués sont la mortinatalité des veaux, la résistance aux mammites cliniques, l'intervalle vêlage 1ère insémination, l'acétonémie, les pathologies des pattes chez les bovins laitiers, les caractères de carcasse enregistrés en abattoir, la fertilité, l'efficacité de carrière, la morphologie adulte en bovins allaitants, ainsi que les caractères des veaux de boucherie dans les deux filières. Les évaluations bovines sont certifiées ISO9001 depuis 2006 sans interruption.

Ce travail d’évaluation est réalisé en étroite collaboration avec les Instituts Techniques qui ont en charge la diffusion des résultats aux utilisateurs. Cette forte relation entre les équipes de l’INRA, de l’Institut de l’Elevage et de Allice (anciennement UNCEIA) est reconnue par le Ministère de l’Agriculture dans le cadre de l'« Unité Mixte de Technologie » eBIS renouvelée en 2017. Cette UMT définit les projets communs et les rôles de chacun. De même, l'IFCE, avec l'aide d'Idele, conduit les évaluations génétiques des chevaux de sport et de course et bénéficie de notre environnement scientifique et informatique. Chez le porc, l’évaluation est conduite en étroite collaboration avec l’Institut de la Filière Porcine (IFIP).

L’utilisation des données de la génomique révolutionne actuellement le domaine des évaluations génétiques. GABI est à la pointe de la recherche mondiale pour le développement de nouveaux outils et méthodes permettant d’utiliser toutes ces nouvelles informations. Dès 2001, un programme de sélection assistée par marqueurs avait été conduit pour les bovins laitiers en partenariat avec l’Union Nationale des Coopératives d’Insémination Artificielle (UNCEIA) et le laboratoire Labogena. Ce programme a ensuite largement évolué du fait de l’utilisation massive de nouveaux outils de génotypage à haut débit, en particulier les puces à SNP. Dès Octobre 2008, la sélection génomique a été mise en œuvre en bovins laitiers. Depuis, plusieurs centaines de milliers d'animaux sont génotypés chaque année et la qualité de l’évaluation qui en découle ne justifie plus la mise en testage sur descendance des taureaux. Cette innovation est la plus importante en sélection depuis plusieurs dizaines d’années. Ce programme a connu des développements très importants avec l’officialisation des index génomiques en 2009, la création de Valogene, une forte collaboration européenne dans le cadre d'EuroGenomics, l'extension à un nombre croissant de races (11 races laitières et allaitantes depuis 2016), l'utilisation de puces basse densité et de l'imputation. Des développements analogues sont en cours dans les autres espèces.

Le Réglement Zootechnique Européen prévoit la reconnaissance d'Organismes de Sélection responsables de leurs évaluations génétiques. Ce règlement entre en application en novembre 2018. Une structure professionnelle, GenEval, a été créée pour assurer la production des évaluations génétiques pour les OS. Courant 2018, l'INRA a transféré ses chaines de calcul et logiciels à GenEval pour que le passage de relais se fasse dans les meilleures conditions. L'équipe G2B se repositionne depuis dans une activité plus en amont, dans la conception de méthodes d'évaluation et d'outils de gestion des populations qui ont vocation à être diffusés au travers de GenEval.