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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Genetique Animale et Biologie Integrative

Unité Mixte de Recherche INRA AgroParisTech GABI Génétique Animale et Biologie Intégrative

Inventaire des microARN dans les tissus équins

Un inventaire très exhaustif des microARN chez le cheval a été dressé par analyses de séquençage à haut débit des ARN (RNAseq). A partir de tissus sanguins, musculaires, osseux, cartilagineux, cardiaque et hépatique 499 microRNA identiques à ceux connus chez l'homme, la souris ou d'autres espèces ont été identifiés et 834 microARN inconnus ont été prédits dont 20 codés par le génome mitochondrial. A partir de ces nouvelles données génomiques, une puce d'expression microARN équins customisées a été réalisée en partenariat avec Agilent Technologies.

Contexte et enjeux

Etude de la régulation post-transcriptionnelle dans les tissus notamment musculaires et cartilagineux et osseux.  Utilisation de cette puce pour identifier des biomarqueurs d'intérêts.

Résultats

697 microARN encore inconnus dans miRBase sont séquencés et prédits comme des miRNA matures candidats. Parmi eux 20 microARN candidats sont codés par le génome mitochondrial (mitomiRs). Une puce  microRNA customisée 8x60 K a été réalisée pour pouvoir analyser 1886 miRNA de miRBase v18, et 781 miRNA equins simultanément.

Perspectives

Application de cette puce miRNA equin pour mener des projets d'étude du transcriptome et microtranscriptome.

Valorisation

Ces résultats ont été présentés dans deux congres internationaux et une publication est en préparation.

 

Références bibliographiques

Mata X, Vaiman A, Legendre R, Marthey S, Laloé D, Jaffrézic F, Rau A, Ruet A, Kennedy S, Schibler L , Barrey E (2013) MicroRNAs identification and pattern expression in equine skeletal muscles, heart and liver determined by RNA deep sequencing. Congrès NiceRNA , 4-6 decembre 2013, Nice, Abstract book pp . 

Mata X, Vaiman A, Legendre R, Marthey S, Laloé D, Jaffrézic F, Rau A, Ruet A, Kennedy S, Barrey E and Schibler L (2013) MicroRNAs identification and pattern expression in equine skeletal muscles, heart and liver determined by RNA deep sequencing.  International workshop on Equine Genetics  Havemeyer Fondation, Juillet 2013, Azores, Abstract book pp.

Barrey E, Mach N, Mata X, Vaiman A, Moroldo N, Lecardonel J, Legendre R, Marthey S, Laloé D, Jaffrézic F, Rau A, Ruet A, Kennedy S and Schibler L (2013) Design of a custom equine microRNA expression microarray  using RNAseq  data analysis of various equine tissues. 

Agilent First European Animal & Plant Symposium. De Rode Hoed, Keizersgracht 102, Amsterdam, The Netherlands, February 25-26, 2014.