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Mathematiques et Informatique Appliquees

AnIMod

Analyse d'image et modélisation spatio-temporelle pour la biologie cellulaire

L'équipe Analyse d'image et modélisation spatio-temporelle (AnIMod) se consacre à l'analyse des systèmes biologiques aux échelles cellulaire et tissulaire  à travers le développement de nouveaux algorithmes d'analyse d'images pour extraire l'information et de modèles numériques originaux pour intégrer et comprendre ces systèmes.

 L'équipe AnIMod est impliquée, en collaboration avec différents partenaires biologistes, dans plusieurs projets où il s'agit de mieux comprendre les mécanismes associés à l'évolution temporelle et l'organisation spatiale de structures (compartiments cellulaires, tissus) ou à des fonctions biologiques (digestion des glucides par la flore microbienne).

 Les données utilisées sont, en général, des images (2D/3D + temps) de microscopies. Nous mettons en oeuvre et développons des méthodes de traitement et d'analyse d'image dans le cadre de ces projets. Le traitement et l'analyse d'image permettent d'extraire des informations quantitatives de données de microscopie. Toutefois, ces informations restent souvent insuffisantes pour identifier précisément les facteurs impliqués dans une évolution et/ou une organisation, encore moins pour comprendre leurs interactions.

 C'est pourquoi nous développons aussi des projets de modélisation afin de mieux comprendre

     - l'organisation spatiale et la dynamique de structures cellulaires,
     - des fonctions biologiques au niveau de l'organe.

 Cela nécessite la prise en compte de géométries parfois complexes, de facteurs génétiques, de contraintes mécaniques etc. Une interdisciplinarité forte est indispensable pour mener à bien ces projets, pour construire et formaliser des hypothèses de fonctionnement, pour développer les logiciels qui permettent de simuler ces processus, pour analyser les modèles développés et les simulations produites.

pucePrincipaux partenaires de l'équipe :  

Responsable: Béatrice LAROCHE