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La microscopie électronique à balayage (MEB) est une technique permettant de visualiser la surface de structures massives, l’échantillon apparaissant en volume. Un microscope électronique à balayage utilise un faisceau d’électrons très fin qui balaie, point par point, la surface de l'échantillon à observer. Le principe du balayage consiste à parcourir la surface de l'échantillon par lignes successives et à transmettre le signal recueilli via un détecteur à un écran cathodique dont le balayage est exactement synchronisé avec celui du faisceau incident.

La microscopie électronique à transmission (MET) est une technique permettant d’observer des organites intracellulaires sur les échantillons coupés, de localiser des molécules avec des marqueurs. Elle est utilisée également pour visualiser des structures moléculaires (protéines ou acides nucléiques) et des microorganismes entiers par les techniques de colorations négatives. Un microscope électronique à transmission utilise un faisceau d'électron pour illuminer l'échantillon, et les électrons traversant l'échantillon, donc transmis, sont détectés sur un écran.